17年前，一名少女从外太空而来，手上拿著传动指挥器并晕倒在海滩上。17年后，刚搬来星见町的小五学生草雉北斗在偶然之下，认识了熟练功夫的出云银河。同时，机械帝国加鲁法亦从宇宙飞来，威胁地球的安危。之后，就有一大群加鲁法机械兽，从月球的螺旋城飞来攻击人类。银河和北斗在逃亡时，突然遇到了秘密组织GEAR的传动战士电童。电童与他们产生了感应，并挑选了他们成为驾驶员。在原先的驾驶员薇嘉的指导下，他们成功战胜了加鲁法机械兽，从此亦兼负上守护地球的责任。

　　在人类的历史和传说中记载着许多妖魔鬼怪的故事，很少有人知道他们是真正存在的，而它们的本来面目竟然是一种植物生命体。日本传说中的荒神也是这种植物生命体。而传说中被高天原流放的天照大神之弟须佐之男竟然是它们的首领。而传说中他从八歧大蛇口中所救的女孩奇稻田姬则是代代转生，专为封锁荒神而存在的巫女，一旦巫女不能够自然死亡，那么日本所有的荒神就都将在第一时间死亡，但巫女活着又 会制约它们的力量。所以历代的奇稻田姬都会在当时政府的严密监护下生活，而荒神们几百年一成不变的矛盾就是想杀死又不得不保护。　　到了藤宫红

2000年9月13日，第二次冲击爆发。在南极大陆上发生的这起大灾难，造成地轴偏斜、海平面上升、全球气候改变，世界人口减半。2015年，不明巨型生物“使徒”在日本登陆，并向第3新东京市袭来。国联军与使徒的作战失败，作战指挥权移至NERV。碇真嗣被父亲NERV总司令碇源堂召唤而来，NERV作战部长葛城美里带其到地下都市NERV总部。最后半推半就地驾驶着泛用人型决战兵器EVANGELION初号机与使徒对抗......

公元2000年8月，葛城考察队到达南极，发现了地下空洞中的巨大人形生命体Adam以及隆基努斯之枪。葛城计划进行人类基因与Adam融合的接触实验，但不幸因此唤醒了沉睡中的Adam，葛成调查队拼死使用隆基努斯之枪再度封印Adam，但结果失败，最终，葛成调查队人为使Adam的S^2机关暴走（因为葛成调查队全灭，所以详细不明），总算避免了完全的败局——也就是A.T力场（A.T.Field）的消失（全部生命重新开始），以及由亚当诞生的生命架构的重新构筑。因为此事，亚当成为了零碎的肉片。