继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
劳伦·格拉汉姆,阿丽克西斯·布莱德尔,梅丽莎·麦卡西,安庆名惠子,斯科特·帕特森,贾德·帕达里克,凯利·毕晓普,爱德华·赫曼,利兹·托瑞斯,肖恩·古恩,布赖恩·塔伦蒂诺,斯科特·科恩,Yanic Truesdale
黛安·韦斯特,杰瑞米·雷纳,德里克·韦伯斯特,休·狄伦,泰勒·汉德雷,Emma Laird,托比·班特法,Hamish Allan-Headley,艾丹·吉伦,Pha'rez Lass,詹姆斯·乔丹,凯尔·钱德勒,George Tchortov,德鲁·维尔戈维尔,娜塔莎·马克,Rob Kirkland,妮可·加利西亚,乔纳森·沃顿,迈克尔·比奇,隆巴多·博伊尔,迈克尔·雷本塔尔,斯科特·吉布森,曼德拉·范·皮布尔斯,玛雅·巴斯蒂达斯,大卫·麦克纳利,Joel Rinzler
马切洛·艾洛迪, 吉尔赫姆·普拉茨,田中菜,桑德拉·科维洛尼,乔纳森·哈根森,卡拉·萨尔,卡拉·萨尔
勒凯斯·斯坦菲尔德
大卫·杜楚尼,吉莲·安德森,米彻·佩勒吉,劳伦·艾波罗丝,罗比·阿梅尔,威廉·B·戴维斯,安娜贝丝·吉什,卡琳·考诺娃,芭芭拉·赫希,克里斯·欧文斯,安贾莉·杰,A·C·彼得森
苏特廷若克.素柏威吉塔,苏查拉·玛娜英,齐纳吾·英塔拉库辛,淳妮苷·内醉,佩泰·松楚瓦,Worapot Fanthamkang
